Mega是一款易于使用的基因分析软件，具有用户友好的界面，易于初学者使用。它可以接受各种数据格式，如FASTA、phillip、PAUP等。此外，Mega软件还专门提供将其他格式的数据转换为Mega数据格式的程序。Mega可用于序列比较、进化树推断、分子进化速率估计、进化假说验证等。NCBI还可以用于序列比较和数据搜索，是一款免费软件。
Mega构建系统进化树的步骤：
1.要将用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致。
2.打开Mega软件，选择"Alignment"-"Alignment Explorer/CLUSTAL",在对话框中选择Retrievesequences from a file,然后点击OK,找到准备好的序列文件并打开。
3.在打开的窗口中选择“Alignment”-"Align by ClustalX"进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。
4.关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次是否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。根据提示输入 ,然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data,根据情况选择yes or no。最后出现一个对话框询问是否打开，选择yes。
5.回到mega主窗口，在菜单栏中选择"Phylegeny"-"Bootstrap Test of Phylogeny"-"Neighbor-joining",打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的Mega说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮,系统进化树就画出来了。
6.在菜单栏中选择“Phylogeny”-"Bootstrap Test Of Phylogeny"-"Minimun-evoluntion"。
7.在菜单栏中选择“Phyligeny”-"Bootetrap Test Of Phylogeny"-"Minimun-parsimony"。
8.在菜单栏中选择“Phyligeny”-"Bootstrap Test Of Phylogeny"-"UPGMA"。
